Fauna në Malin e Sharrit nuk është hulumtuar kaq mirë sa flora pavarësisht nga vlerat e jashtëzakonshme që ka.
Fauna e fluturave ditore është paraqitur me 167 lloje që paraqet 80% të faunës së fluturave ditore në Maqedoni. Në Malin e Sharrit nuk takohen flutura ditore endemike. Më shumë lloje të rralla fluturash janë të rëndësishme nga aspekti i ruajtjes së shumëllojshmërisë biologjike: Pyrgus andromedae, Euphydryas maturna, Erebia gorge, Erebia alberganus, Erebia rhodopensis, Erebia pandrose, Plebeius (Vacciniina) optilete, Plebeius (Agriades) pyrenaica, Maculinea arion, Zerynthia polyxena.
Carabus intricatus / Cerambyx cerdo / Dorcadion ljubetense
Maculinea arion / Morimus funereus / Parnassius apollo
Coronella austriaca / Ichthyosaura alpestris
Lacerta agilis / Vipera ursinii
Peshqit në Malin e Sharrit janë studiuar shumë pak. Deri tani është e njohur se në përrenjtë dhe lumenjtë malor ndeshen trofta e përroit (Salmo trutta), barbelli i zi (Barbus meridionalis petenyi), dhe kërkushka (Gobio gobio).
Jo më pak është e përhapur dhe fauna zvarritëse(herpetofauna) në këtë masiv. Janë regjistruar 17 lloje zvarritësish, që është pothuajse gjysma e numrit të përgjithshëm në Maqedoni dhe atë: janë të pranishme llojet e mëposhtme të zvarranikëve: breshkë kodre (Testudo graeca), breshkë kodre (Testudo hermanni), krymbi i ngadalshëm (Anguis fragilis), hardhucë malor (Lacerta agilis), hardhucë jeshile e madhe (Lacerta trilineata), hardhucë jeshile (Lacerta viridis), hardhucë e gjallë (Zootoca vivipara), hardhucë ballkanike (Podarcis erhardii), hardhucë muri (Podarcis muralis), gjarpër i verdhë (Dolichophis caspius), gjarpër mali (Coronella austriaca), gjarpër pylli dhe ekskulapues (Elaphe longissimus), veshë-bardhë (Natrix natrix), peshkatar (Natrix tessellata), kërcyes(Vipera ammodytes), laramane (Vipera berus) dhe hidhëruese ose laramamne kokëmrehtë (Vipera ursinii). Laramanja kokë-mprehtë është një lloj në përgjithësi i rrezikuar në Europë dhe tek ne ka statusin e llojit rreptësisht të mbrojtur.
Ari -Ursus arctos / Buteo buteo - Shpend / Dhelpër -Vulpes vulpes /
Ris ballkanik - Lynx lynx balcanicus / Sharth i bardhë - Martes foina / Ris ballkanik - Lynx lynx balcanicus
Ornitofauna (Fauna e shpendëve) në Malin e Sharrit është relativisht modeste, duke pasur parasysh madhësinë e saj dhe pasurinë e habitantëve. Është vlerësuar se në Malin e Sharrit gjendet të paktën 130 lloje shpendësh. Më të shumta ndër to janë ato me fole dhe më interesante është fauna e shpendëve në terrenet e hapura në lartësitë malore, për shkak të pranisë së llojeve alpine, siç janë dhe sorra sqepkuq dhe sqepverdhë (Pyrrhocorax pyrrhocorax dhe Pyrrhocorax graculus), zogu i shkëmbinjve (Tichodroma muraria), priftë alpin (Prunella collaris), (Eremophila alpestris) dhe zogu i borës (Montifringillla nivalis). Nga llojet e pyllit më interesante janë ato që takohen në pyjet me halore, siç janë arrëthyese (Nucifraga caryocatactes), sqep kryqzues (Loxia curivrostra), mëllënjë (Turdus torquatis) e të tjerë. Në liqenin më të madh akullnajor, Bogovinskën, gjatë migrimit mund të takohen dhe disa lloje patash.
Nga shqiponjat sot takohen vetëm shqiponja kokëbardhë (Gyps fulvus), e cila s’ka fole në Sharr, por në numër më të vogël vjen në periudhën e verës në kërkim të ushqimit. Numri i shqiponjave të tjera është zvogëluar, kështu dhe shqiponja e artë (Aquila chrysaetos), takohen vetëm disa çifte. Kreksi (Crex crex – lloj i rrezikuar në Europë) dhe një nga llojet më interesante që takohen në livadhet me lagështi dhe vegjetim të madh në afërsi të rrjedhjeve ujore.
Kapoll-Capreolus capreolus / Dhi e egër-Rupicapra rupicapra / Derr i egër-Sus scrofa /
Mace e egër-Felis silvestris / Ujk-Canis lupus / Shqiponjë e artë-Aquila chrysaetos
Shqiponjë e artë-Aquila chrysaetos
Shumëllojshmëria e madhe e bimëve të ndryshme të egra, kërpudhave dhe kafshëve në Malin e Sharrit është një shenjë e rëndësishme. Megjithatë ky mal është i njohur dhe nga shumëllojshmëria e kafshëve dhe bimëve shtëpiake dhe shenjë dalluese i jep dhe raca lokale e qenve – qeni i Sharrit dhe delja e Sharrit.
Qeni i Sharrit është një lloj race qeni bagëtish me një instinkt të formuar për ruajtje të kopeve të deleve. Për herë të parë kjo racë është përmendur në vitet ’30 të shekullit të kaluar dhe në vitin 1957 është regjistruar si qeni i Sharrit në federatën ndërkombëtare kinologjike (nga 1939 deri më 1957 njihej si bariu ilirik)